シーズン1の最終回まで一気に紹介。日本でもパロディが作られるほどの人気。どこが面白いのか?くわしい流れがよくわかる。
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1話 序章
謎の変死事件。女性の死体が発見された。不思議な出来事。変死事件を担当するモルダーは、変わり者のオカルト趣味だと言われていた。
そこにエージェントとして派遣されてきたのがスカリー。モルダーの捜査に疑問を持ちながら、二人は変死事件の捜査を始める。
体に奇妙な斑点があり、ふつうの死亡事件とは違っていた。調べていくと他にも不審な点があり、モルダーは墓を掘り起こして事件を確認しようとする。
数々の不可思議な出来事。スカリーは懐疑的だったが、その真相が謎の存在による人体実験だと報告。真相は闇のまま終わるのだった。
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2話 ディープ・スロート
とある軍事基地。そこではUFOや怪事件が頻発していた。空軍に所属していたパイロットはなぜか暴走。精神に異常をきたして軍警察に連行される。
空軍パイロットが帰らない。モルダーのFBI課に直接依頼が来る。調査をすると、その基地では軍の機密情報に関わることがわかった。
そこでは謎の飛行物体が発光。UFOかそれとも軍の新型兵器か?ステルス戦闘機などと憶測が出るが真相はわからない。軍人なのか、政府の秘密組織なのかわからない謎の男に止められる。
パイロットは戻ってきた。記憶を消されて。モルダーは基地に潜入しようとするが黒ずくめの男たちに捕まって・・・。
3話 スクィーズ
猟奇殺人事件が起きる。内臓がえぐりとられている。密室殺人でもあり、連続殺人でもあった。過去にも似たような事件が。容疑者が逮捕されるがその特異体質が奇妙だった。
容疑者は現場に証拠を残していた。そのため、過去の事件とも関連があることがわかる。その犯罪者ユジーンは人の内臓を栄養として食べていた。
刑務所に入れられるが、その男の得意な体は狭い隙間でも抜け出せる能力だった。
4話 導管
UFO発見で有名なアイオワ州のオカポジー湖で、とある少女が失踪。誘拐事件?母親が謎の発光事件を見つけてその後少女が行方不明。
地元警察ではただの家出人とされていた。しかし過去の事件ではこの母親がUFOに関わっていたとしてXファイル課が捜査を開始。
母親の子供の一人が、テレビのノイズから何者かからのメッセージを受け取っていた。事件はただの怨恨による殺人として終了しようとしていたが、その少女は帰ってきた。
「誘拐された」という。謎の空間にいたことを告げるが、これ以上関与したくないとモルダーを追い返す。
5話 ジャージー・デビル
ニュージャージー州で浮浪者の死体が発見。そこでは伝説として人食いの化け物「ジャージー・デビル」が噂されていた。数十年前にも同様の事件がありモルダーとスカリーは捜査を開始。
ジャージー・デビルとはコウモリのような悪魔的な動物。死亡したホームレスの住居を探す。観光が主流の地元からは事件を隠蔽しようと妨害を受けてしまう。
さらに森の中で変死事件が起きてしまう。別件では裸の女の死体から、胃の中に人間の肉が発見。謎の生き物が森に潜んでいる?
6話 影
フィラデルフィアで女性が襲撃される。その死亡事件は普通とは違って、外傷ではなく内側から骨を折られていた。暴力事件とは違った怪奇ファイル。
謎の人物から呼び出され、死体を調べる。別の男の死体も奇妙で外傷がなく、首の骨を折られていた。フィラデルフィアで死亡した女性を、その男たちが殺害していたことがわかる。
どうやって?女性の家を調べるが、そこで襲ってきた男も奇妙な死に方で絶命。フロッピーディスクに残された情報から、これはサイキックな現象だと推理するが・・・。
7話 機械の中のゴースト
密室の中で、会社代表の感電死事件が起きた。容疑者の候補が出るが、証拠も動機もない。調べていくうちに、そのビルではAIいよる管理システムが導入されていた。
その人工知能は、自分自身が廃棄処分になることを恐れていた。会社代表がシステムを排除しようとしたため、AIが起こした殺人事件だった。
そのプログラマーが逮捕。政府国防庁が介入してプログラマーを追う。AIはモルダーによって破壊されるが、その後プログラマーは失踪。AIもひそかに生き延びており・・・。
8話 氷
アラスカで研究者たちの集団殺人が起きた。自殺したりお互いを殺傷しあうなど猟奇的。モルダーは現場で、研究者たちの体から謎めいたモノを発見。
それは25万年前に地球にやってきた生物。隕石とともに地球に飛来。人に寄生して異常行動を起こさせていた。調べていたモルダーも寄生の疑いがかかってしまう。
その後逃げ延びるが、もう一度研究所に捜索しようとするが、すでにそこは取り潰されていた。
9話 宇宙
宇宙開発が突然の中止。NASAからモルダーに依頼が来た。スペースシャトルの妨害が何者か調べる。NASAの責任者のベルト中佐は妨害のことを否定。
中佐は過去に宇宙遊泳をした経験があった。モルダーも含めて宇宙飛行士として尊敬を集めていた人物。宇宙遊泳のときに、謎の生き物に憑依されていた?
さらに起こる事故。内部犯と思われベルト中佐は錯乱して飛び降り自殺を図る。
10話 堕ちた天使
上空で閃光が走り、未確認飛行物体とも思える事件が起きた。そして現場に向かった警官も死亡。政府は隠蔽のためにUFOに軍を差し向ける。
忠告を受けて捜査をやめるように言われるモルダー。静止を振り切って現場に向かうが、透明な発光体を発見。その場に居合わせたオカルトマニアが誘拐されてしまう。
ディープ・スロートと遭遇するモルダー。今までの越権行為を叱責されるが、FBI解雇だけは免れる。
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11話 イヴ
ブランコに座ったまま、父の謎の死。コネティカット州でキャトル・ミューティレーションと思われる血を抜かれた死亡事件が発生。
死んだ親の子供ティーナ。ティーナにそっくりなシンディーが現れる。モルダーはディープ・スロートから「秘密組織の強化兵ソルジャー」の話を聞く。
そこで生み出された子供、アダムとイヴ。死んだ父の子二人はそこで毒殺事件に関わる。毒入りのソーダを飲みそうになってしまうスカリー・・・。
12話 炎
自然発火。とある初老の紳士の体から火が出て死亡。Xファイル課はイギリスロンドンに来ていた。モルダーの過去の彼女、グリーンと捜査をすることに。スカリー複雑。
ぐちをこぼすモルダーだが、グリーンと放火犯を追う。二人の時間を過ごすなか、スカリーに目撃されてしまう。
ホテルに居合わせた、庭師の男が気になる。調べた結果、死亡した家の庭師に容疑がかかった。火恐怖症のモルダーが火災現場に突入。子供を救った。庭師は錯乱して自分に火をつけてしまう。
13話 海の彼方に
スカリーの父の突然死。父ウィリアムが心臓発作で謎の死をとげる。一方ノースカロライナ州では誘拐事件でモルダーとスカリーが捜査を始める。
霊能力?捜査に協力する霊能力者のことを信じないモルダー。その霊能力者は殺人犯で、共犯者と取引をしていた。父の霊の幻視を見るスカリー。霊能力者から取引を持ちかけられて、「ウィリアムの言葉を聞かせる」と言われて悩むスカリー。
霊能力者の指示で誘拐犯を追う。霊能力者の言ったとおりに、危険を回避。誘拐犯は事故死。父の言葉を聞くことはなかったスカリー。「言いたいことはわかってる」
14話 性を曲げるもの
若い男女がクラブで一夜を過ごす。その後男が死に、女は男の姿をして逃亡。モルダーとスカリーは「キンドレッド」という組織を追いかける。
キンドレッドでスカリーはアンドリューに心を奪われる。モルダーは組織を追跡、死体を発見して病人の性転換現場を目撃。
スカリーはアンドリューに誘惑されていた。しかし駆けつけたモルダーに助けられる。そのあとに突然出現したミステリーサークル。異星人と性別不明の人物の正体とは?
15話 ラザロ
連続銀行強盗犯の二人を追跡。スカリーはウィリス捜査官と強盗犯を逮捕。撃たれるウィリス、強盗犯の一人を射殺。ウィリスはその後記憶や人格が180度変わっていた。ウィリスは結婚指輪を奪って病院から抜け出す。
モルダーは死んだ銀行強盗犯の魂がウィリスに乗り移ったと言う。スカリーはモルダーの意見を信用できない。スカリーは強盗犯のもうひとりを追いかけるが、ウィリスに裏切られて捕まってしまう。
スカリー救出に向かうモルダー。強盗犯は一度は裏切っていた。ウィリスは死んだふりをして、強盗犯を射殺。その後病気で息を引き取った。スカリーは駆けつけたモルダーに助けられる。
16話 再生
ペンシルベニア州で囚人バーネットが死んだ。それから4年が経ち、銀行強盗の現場に向かうモルダー。バーネットはモルダーの最初の担当事件だった。
ところがモルダーのもとにバーネットと思われるメモが届く。刑務所の医師だったリドリーは「バーネットが生き返った」と証言。ディープ・スロートはバーネットを探し出して若返りの方法を聞こうとする。
バーネットはスカリー宅に忍び込み、殺害予告をする。若返ったバーネットは演奏会へ。そこでスカリーを銃撃。過去にFBI規則のために銃を撃てなかったモルダー。そのために同僚を死なせてしまった過去があった。今度はバーネットを銃殺。スカリーは防弾チョッキで難を逃れる。
17話 E.B.E
イラクでUFOが撃墜される。テネシー州ではトラック運転手ランハイムがUFOに遭遇。政府の秘密を暴きたいモルダー。ディープ・スロートからイラク空軍の通信傍受内容を受け取る。
ランハイムのトラックは不審。ただモルダーはランハイムはUFOに関わってないと推測。スカリーは偽造写真の真相に気づく。ディープ・スロートから意図的に事件から遠ざけようとされていたことがわかる。
モルダーはトラックを追跡して発電所内へ。UFOの証拠をつかもうとするが、追い返される。その後ディープ・スロートから、トラックの搭乗員が死亡したことを告げられる。
18話 奇跡の人
テネシー州で自動車事故が起きた。子供サミュエルは死体に声をかけて蘇生に成功させる。10年後サミュエルは心霊療法をしていた。モルダーとスカリーはその心霊療法を殺人事件だとして捜査。
サミュエルソンは死亡事故で逮捕、裁判にかけられようとしていた。裁判の結果無罪となったが、サミュエルは暴漢に襲われて死亡。
真相を調べたXファイル課。サミュエルによって生き返らされたヴァンスがサミュエルに罠をかけたことがわかる。ヴァンスはサミュエルの霊を見る。そして青酸カリを飲んで自殺をはかる。
19話 変形
モンタナ州でネイティブ・アメリカンの殺害事件が起きる。容疑者パーカーは獣に襲われたと主張。モルダーはその土地に信じられている獣人が犯人だと推測。スカリーは非科学的だとするが証拠の皮膚を見つける。
それからパーカーは何者かに殺される。その子供のライルは裸で倒れていた。土地で信仰されているマニトウという、人に取り付く伝説上の存在を聞かされる。
ライルを調べると胃から父の肉体の一部が検出される。ライルはスカリーを襲撃。その後獣人と化したライルは檻の中へ。
20話 闇
森林伐採の労働者が謎の失踪。過去にも同様の失踪事件が起きており、FBIが調査に入る。森の中でひからびてミイラとなった労働者を見つける。
人を襲う虫の大群。それを信用しない伐採業者の幹部はその後死体で発見される。森から抜け出そうとしたモルダーとスカリー。虫に捕まってしまい、繭の中に閉じ込められる。
捜索隊に救出されるが、病気や疫病検査のために施設に搬送されることに。
21話 スクイーズTooms
3話で逮捕されたユジーン。特殊能力で脱走を図る。モルダーはスキナーとスモーキングマンに呼び出されて行き過ぎを注意される。ユジーンは保釈審議をされる。
ユジーンは次の襲撃相手を探していたがモルダーに妨害。白骨死体から殺害の証拠を探すスカリー。ユジーンはモルダー宅に侵入して罠にかける。傷害容疑で連行されるモルダー。
モルダーはユジーンの過去の住居を探す。そこでユジーンをエレベーターを使って圧死させる。白骨死体からは殺害の証拠が見つかり、スキナーは上司に報告。
22話 輪廻
ニューヨーク州でバルバラ刑事が転落死。犯人のモンタージュ写真を作るが、死んだはずのモリス刑事に似てしまう。過去に刑事たちは合同で捜査をしていたことがわかる。
モリスの死亡事件で不審な点が見つかる。バルバラ刑事の死亡に関わっていたミシェルという少女。モルダーは催眠から、ミシェルがモリスの生まれ変わりだと確信。モリスの死にはフィオレが絡んでいた。
フィオレは念動力でミシェルを殺害しようとしていた。フィオレはバルバラ刑事たちが盗みに関わったこと、モリスが止めに入ったので殺したことを告白して罪を認める。ミシェルは元の少女に戻っていた。
23話 ローランド
研究施設でサーノウ博士が設備の事故で死亡。機械を捜査していたと思われたのは知的障害のローランド。モルダーは他の人物が関わったと推測。
ローランドはキーツ博士を殺害。それとは別に死亡していたグレーブル博士のことを調べていると、グレーブルとローランドの線がつながる。グレーブルとローランドとは一卵性双生児だったことがわかる。グレーブルの脳は冷凍保存されていた。
ノレッテ博士はグレーブ博士の研究を盗んだことを認める。二人は争いになり銃を向ける。モルダーとスカリーは止めに入る。そのころグレーブルの脳は死に、ローランドは元にもどった。その髪型はグレーブルにそっくりで・・・。
24話 三角フラスコ
シーズン1終章。「TRUST NO ONE(誰も信じるな)」。
カーチェイスの中、警官はセカーレ博士を撃ち、博士は海に身を投げた。現場に緑色の血を残して。ディープ・スロートから事件の真相につながると言われ、モルダーとスカリーが探しにいく。
カットの男はベルーブ博士は殺害し、自殺に見せかけていた。モルダーは研究所で三角フラスコを見つける。そんな中セカーレ博士から電話がかかる。重症を負ったセカーレは病院へ搬送されるが、意識を取り戻して救急車から逃走。
フラスコの中からは地球外のバクテリアが検出。施設に入り込んだモルダーは水槽の中の5人を発見。ディープ・スロートから「ベルーブはセカーレの逃走を助けた」と告げられる。
ベルーブ博士は地球外ウイルスで人体実験をしていた。殺すように命じられていたのだ。フラスコを研究していたカーペンター博士もカットの男に殺害。モルダーは謎の組織に捕まってしまう。
スカリーはディープ・スロートに会い、モルダーを探しに施設に行く。そこでエイリアンの胎児を発見。取引を持ちかけるが、カットの男に銃撃されてディープ・スロートは息を引き取った「誰も信じるな」と言い残して。
Xファイル課は閉鎖。胎児はスモーキングマンがペンタゴンに持ち去るのだった。
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